월정서원은 원래 나주의 남쪽 입구인 목포-광주간 국도변(현재 상담비가 세워진 곳)에 구지가 있었으나, 1868년 서원훼철령에 따라 유허비를 세우고 설단향사하다가 1974년 현재의 위치로 이전한 것이다. 이 서원은 1659년(효종 10) 사암 박순의 학덕을 흠모하는 도내사림들의 발논으로 홍합이 건원을 청하는 상소([사암집] [月井書院請建疏] 1659년, 홍합찬)를 올려 허락을 받아 구지에 창건을 보게 되었다. 그후 1669년(현종 10)에 사액이 내려졌으며, 이때에 치제관으로 예조정랑 강복원이 파견되었다. 현재 월정서원에는 역대원장의 명단이 남아 있는데, 초대원장은 민유중, 원이(院貳)는 남구만이 었고, 이 밖에 송시열, 유척기, 김원행 등의 서인노론계 인사들 이 기록되어 있다[月井書院座目]. 한편 1787년(정조 11)에 서원의 중수가 이루어졌으며, 1789년 (정조 13)에는 이 지역 유생 38인과 태학유생의 상소로 김계휘, 정철 추배되어 모두 5위가 제향되었다.
1796년(정조 20) 강당이 중수되었고, 1802년(순조 2)에 동서재와 삼문을 중수하였다. 당 시의 원장은 한용구였고, 강당명은 월원당, 동재는 은구재, 서재 는 지숙재, 정문은 진덕문이라 편액하였다고 한다.그후 1832년(순조 32) 2차 중수가 있었다. 1868년(고종 5) 서원훼철령으로 훼철되어 구지(舊址)에 설단제향하였는데, 당시의 제향과 이건(移建), 복건사업(復建事業)들은 홍천경의 후손들(풍산홍씨)이 주축이 되어 이루어졌다. 1913년 유지에 유허비를 홍승경이 건립하였고, 1974년 현재의 위치에 터(풍산홍씨가 문답 기증)를 잡고 사우와 강당 등 건물을 옮겨 중건하였다. 1974년 복설시에 월정사라는 이름으로 불리게 되었다.